１回目は主香といい、額の高さまでおしいただき仏さまへの正念香。２回目は従香といい、煙が絶えないために行うものと言われていますが、特に回数にはこだわらないとも言われています。

「仏・法・僧」に帰依する意味で３回とも言われていますが、心をこめて念じ、１回の焼でもよいとされます。

通常は３回とし、「仏・法・僧」の三宝供養とも「空、仮、中」の三諦にならうとも言われています。

「真心を込めて一心に」で１回とも「身を静めて1回、心を清めるのに1回」で2回、また「仏・法・僧」への帰依、「過去・現在・未来」の衆生に回向で3回とも言われており、いずれも間違いではなく回数は特にこだわらないとされます。

戒香、定香、解脱香の３つを「仏・法・僧」の三宝に捧げる意味で３回行うと言われています。

焼香はその薫香により、仏前をおかざりすると共に、お浄土を思い浮かべるご縁となります。
その作法として、2・3歩手前でご本尊に向かって一礼し、焼香卓の前に進みます。1回だけ香をつまみ、香炉にくべ（この時に額の高さまでおしいただかない）、合掌しお念仏を唱え、その後、礼拝します。2・3歩後ろに下がり、再度ご本尊に一礼をします。

ご本尊若しくは、ご名号を仰ぎ見ます。
焼香の前に進み、お香をつまみ香炉に2回くべます。その際、お香を額のところまでおしいただいたり、煙をあおったり身に付けたりいたしません。次に合掌し念仏を称え合掌を解いて軽く頭を下げます。

仏式と同じで、お寺様ではなくご導師様がお経をお読みになる際、焼香を3回行います。

仏式のご葬儀とは違い、焼香ではなく玉串奉奠（たまぐしほうてん）「玉串を奉（たてまつ）りて拝礼」をおこないます。「玉串」とは榊（さかき）や杉などの常緑樹の小枝に紙垂（しで）や木綿（ゆう）をつけたものです。
まず、神職からの榊の小枝を受けるとき、左の手のひらを上に向けて葉の部分を持ち、枝の方は右手をかぶせて持ちます。玉串（榊の枝）を受け取ったら軽く一礼し、玉串を胸の高さに捧げ、葉先の方を高めに持って神前に進みます。一礼して葉の方をまず神前に向け、左手を枝の方に持ち替え、右手は葉先の方に移し時計方向に180°回します。このとき、枝先は神前に向き、葉の方は体の方になる。両手で玉串台へ供えます。
二礼して二拍子（しのび手といい音を立てない）のあと一礼し、祭壇に向ったまま2・3歩下がり、体の向きを改め 神職・ご遺族に一礼し退出します。

カトリックでは献花だけでなく、前夜祭（仏式で言うお通夜）においては焼香をされる場合もあります。プロテスタントの場合は献花をおこないます。
祭壇に向うとき、係の人から右手に花が左手に茎が来るように渡されます。霊前に進むときは、神父または牧師・ご親族に一礼し、茎が祭壇の方に向くよう右回りに手元に引き寄せ、左手が上向きになるよう持ち替えてから、静かに献花台に捧げます。祭壇に向ったまま、キリスト教式では手を組み合わせて黙祷しますが、合掌や頭を低く垂れる等でも構いません。神父または牧師・ご遺族に一礼し退出します。